病態内科学講座は臓器別に独立する６内科を包括する大講座です。この大講座を運営するために、事務機構として講座事務局および分野連絡会議が、各種懸案の協議、立案、運営管理機構として講座教授会、代議員会、講座会議が、各種専門事項の諮問を行う機構改革委員会、人材交流委員会、予算/財務委員会、診療委員会、教育委員会、研究施設・設備委員会の６委員会がそれぞれ設置されています。講座の運営については病態内科学講座規約および各種細則を講座会議において策定し、これに従って種々の業務が遂行されています。
これらの組織の日常的な活動により、事務作業の効率化、入局・赴任などの対外人事、教員・医員配置などの内部人事の公正かつオープンな実施、講座予算の公平な使用などの講座運営面におけるメリットと、臓器別内科が横断的に協力し診療、教育、研究にあたることにより、各分野が一体となりパワフルな内科として発展することのできる基盤が形作られています。
歴代講座主任（敬称略）
| 2003.4 - 2003.12 | 松尾清一（腎） |
|---|---|
| 2004.1 - 2005.3 | 下方薫（呼） |
| 2005.4 - 2007.3 | 大磯ユタカ（糖・内） |
| 2007.4 - 2009.3 | 直江知樹（血） |
| 2009.4 - 2011.3 | 後藤秀実（消） |
| 2011.4 – 2013.3 | 室原豊明（循） |
| 2013.4 – 2015.3 | 長谷川好規（呼） |
| 2015.4 – 2017.3 | 清井仁（血） |
| 2017.4 – 2019.3 | 有馬寛（糖・内） |
| 2019.4 – 2021.3 | 丸山彰一（腎） |
| 2021.4 - 2021.6 | 藤代光弘（消） |
| 2021.7－2023.3 | 室原豊明（循） |
| 2023.4 - | 川嶋啓揮（消） |