1983年（昭和58年）、外科学第一講座から心臓外科、第二講座から肺外科が集まる形で胸部外科学講座が誕生し、阿部稔雄（心臓外科）が教授に、翌1984年に今泉宗久（呼吸器外科）が助教授に就任しました。
1999年には上田裕一教授（心臓外科）が着任し、2000年には、大学院重点化に伴い胸部機能外科学（心臓外科）・胸部構築外科学（呼吸器外科）に改組されました。
2004年に横井香平が呼吸器外科准教授・診療科長に着任し、心臓外科、呼吸器外科の２つの診療科体制で臨床・研究・教育を行ってきました。
2013年4月1日呼吸器外科は１つの講座・診療科として独立し、横井香平が初代教授に就任しました。
2019年9月1日二代目教授として芳川豊史が着任し、現在に至っています。